GULP 汇总
2019年1月22日
GULP
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GULP (General Utility Lattice Program)晶格动力学软件
在线Manual
1. Run GULP Command
GULP 执行命令：gulpoutputfile
例如：
1$ /home/ubuntu/GULP/gulp-5.2/Src ...
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GROMACS 入门
2019年1月22日
GROMACS GROMACS入门
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GROMACS 入门GROMACS 安装
安装：
12345678wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.tar.gztar -zxvf gromacs-2023.tar.gzcd gromacs-2023mkdir b ...
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Lammps安装
2019年1月22日
Lammps安装 Lammps
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- Windows下Lammps安装
官网下载Windows版Lammps,和并行包mpich2；2.下载完成后，直接双击LAMMPS-64bit-stable-MPI.exe安装,可以自定义安装位置；
Similarly，接着安装MPICH2mpich2-1.4.1p1-win ...
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Lammps Command
2019年1月22日
Lammps Lammps Command
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neighbor 2.0 multi
neighbor skin style
此命令用于设置cutoff distance;
3种style代表不同的算法去构建list,bin nsq multi
一般使用bin较多；
nsq没有用过，手册上讲，在计算非周期性的盒子里的未溶解的 ...
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Lammps 笔记
2019年1月22日
Lammps Lammps 笔记
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11-17
使用LAMMPS和Alamode计算热导率、PDOS、弛豫时间等
运行alm.in,生成xxx.pattern_HARMONIC和xxx.pattern_ANHARM3
需要注意：NORDER = 2 # 1: harmonic, 2: cubic, ..
其他信 ...
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VMD 基本操作
2019年1月22日
Lammps VMD 基本操作
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VMD使用VMD Linux 安装1234567wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.ope ...
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Lammps error汇总
2019年1月22日
Lammps Lammps error
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1. 跑MD结构散了跑MD结构结构散了，常见原因总结：
(1). 势函数的问题，调研一下该势函数是否有人模拟过成果过。(2). 原子结构不稳定导致的，例如：
模拟 缺陷 的时候，缺陷过多导致结构不稳定；
模拟 高温 或者 高压 环境下时，导致结构不稳定；
可以先低温弛豫（NPT ...
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