[toc] ChatGPT: 下面整理了一份较为全面的清单，介绍当前常用的分子动力学（MD）模拟中用于力场分配、拓扑构建和参数转换的程序或软件，包括它们的优缺点以及基本的使用方法。这些工具大致可以分为两大类： 一类是集成在 MD 模拟软件中的前处理工具或图形用户界面 另一类是专门用于拓扑构 ...

[toc] ChatGPT写一个 nuitika 教程: 当然可以！下面是一个面向初学者的 Nuitka 编译 Python 脚本为可执行文件（.exe 或 ELF） 的完整教程，适用于 Windows / Linux / macOS，帮助你从安装到打包走通全流程。 � ...

[toc] ChatGPT生成 LAMMPS 中 fix wall/lj126 ，用于在模拟系统中引入 Lennard-Jones 12-6 型势能的硬壁（壁面势）。下面是对该命令的详细解释： 🧱 命令结构：1fix wall all wall/lj126 xlo EDGE 0.0 ...

[toc] 由chatGPT生成 教程：使用 CHARMM 工具生成 LAMMPS 输入文件工具背景charmm2lammps.pl 和 lammps2pdb.pl 是由 Pieter J. in ‘t Veld 和 Paul Crozier 创建的工具，用于将 CHARMM 力场参数转 ...

[toc] DP-GEN （Deep Generator）是一个用Python编写的软件，精心设计用于生成基于原子间势能和力场的深度学习模型，依赖于DeepMD-kit。 下载并安装 Python >= 3.9 pip install 12conda activate ...

[toc] 小白，按教程写的，不一定对，但是，是一个完成的流程 数据准备执行VASP计算获取OUTCAR1234mkdir 00.datacd 00.datamkdir VASPcd VASP 创建VASP模拟输入数据 INCAR 123456789101112131415161 ...

[toc] 将以气态甲烷分子为例，详细介绍Deep Potential (DP)模型的训练和应用。 手动安装cpu版123wget https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit/releases/download/v3.0.0b3/deepmd-k ...

[toc] GBDT（Gradient Boosting Decision Tree）和GBR（Gradient Boosting Regression） 都属于梯度提升（Gradient Boosting）框架，但它们之间的区别主要体现在应用场景和具体模型结构上。以下是详细的对比分析： 1 ...

Paper Notes 20252025-03月2025-02月前反馈（Feedforward）和后反馈（Feedback）控制系统、神经科学、以及机器学习中常用的术语。它们描述了信息或信号的流动方向和处理方式。下面是对这两个概念的详细解释： 1. 前反馈（Feedforward）前反馈通 ...

Paper Notes 20242024-12月Light Gradient Boosting Machine (LightGBM) 是什么模型Light Gradient Boosting Machine (LightGBM) 是一种高效的梯度提升树（Gradient Boosting ...