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使用LAMMPS和Alamode计算热导率、PDOS、弛豫时间等

• 运行alm.in,生成xxx.pattern_HARMONIC和xxx.pattern_ANHARM3

  1. 需要注意：NORDER = 2 # 1: harmonic, 2: cubic, ..
  2. 其他信息修改参照官网

• 用alamode自带的displace.py，生成harm1.lammps和cubic1.lammps

  1. 如果harm和cubic文件很多的话，几百几千个，这里可能会出现harm0001.lammps这种文件名，会报错。

• 用脚本运行lammps,in.sw,使harm1.lammps和cubic1.lammps 分别生成XFSET.harm1和XFSET.cubic1
• 最后使用alamode自带的extract.py，从XFSET.harm和XFSET.cubic提取到DESET_harmonic中
• 修改alm.in中的MODE为optimize并添加一些信息，再次运行alm.in，会得到xxx.fcs和xxx.xml,
• 利用anphon通过xxx.xml会得到xxx.bands文件，然后通过自带的plotband.py可以计算声子色散；
• 同样获得pdos
• 具体参见官网

Nose-Hoover

• Lammps默认NVT为Nose-Hoover
• NEMD时使用此热库，其实就是在热源和冷源加 nvt ，
• 在跑非平衡分子动力学( NEMD )模拟时，由于Nose-Hoover具有演化的过程，但是NEMD也有演化，
• 所以在跑nve的时候，不仅要排除fixed的区域，还要排除热源冷源区域。

NPT时系统的边界条件必须为周期性边界条件

1

boundary	p p p

REBO MoS2

• https://research.matse.psu.edu/sinnott/software
• 注意：

1
2

0.020             epsilon_SS #对应300K
0.01386            epsilon_SS #对应0K

原子间势函数库

• Interatomic Potentials (Force Fields)Repository
• https://www.ctcms.nist.gov/potentials/

LAMMPS Online

• LAMMPS Online https://editor.lammps.org/

lammps国外社区

对于amorphous结构控压

• 应该先淬火、不能有真空层，不然不能控压，真空给不了压力

LAMMPS入门教程（2）——从in文件建立讲分子动力学模拟流程

• https://zhuanlan.zhihu.com/p/341613975