1. alamode安装参考

https://zhuanlan.zhihu.com/p/145873368

Alamode 运行

• 执行alm
  alm alm.in > alm.log

  MODE = suggest的时候可以获得一个包含笛卡尔坐标的displacement patterns
  MODE = optimize的时候需要一个数据集（DFSET）,且得到xx.fcs(力常数),xx.xml(必要的信息)

• 执行anphon
  anphon anphon.in > anphon.log
  or
  mpirun -np 16 anphon anphon.in > anphon.log

  MODE = phonons的时候perform (harmonic) phonon calculations
  MODE = RTA的时候conduct thermal conductivity calculations

• plot

2. 使用LAMMPS和Alamode计算热导率、PDOS、弛豫时间等流程：

• 运行alm.in,生成xxx.pattern_HARMONIC和xxx.pattern_ANHARM3

  1. 需要注意：NORDER = 2 # 1: harmonic, 2: cubic, ..
  2. 其他信息修改参照官网

• 用alamode自带的displace.py，生成harm1.lammps和cubic1.lammps

  1. 如果harm和cubic文件很多的话，几百几千个，这里可能会出现harm0001.lammps这种文件名，会报错。

• 用脚本运行lammps,in.sw,使harm1.lammps和cubic1.lammps 分别生成XFSET.harm1和XFSET.cubic1
• 最后使用alamode自带的extract.py，从XFSET.harm（XFSET.cubic）提取到DESET_harmonic（DFSET_cubic）中
• 修改alm.in中的MODE为optimize并添加一些信息，再次运行alm.in，会得到xxx.fcs和xxx.xml,
• 利用anphon通过xxx.xml会得到xxx.bands文件，然后通过自带的plotband.py可以计算声子色散；
• 同样获得pdos
• 具体参见官网
  注意：
• cutoff 的值可以从log中查看

3. Alamode在训练的时候出现的错误：

1
2
3

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
  what():  std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

• 1. 主要是由于运行内存不足；
• 2. 总结两种原因，一种是运行的task太多导致，另一种是一个task的数据量太大了（比如这里选的截断半径太大）

4. Alamode中拟合力常数的时候 Fitting error (%) : 100,找不到原因

• 截断半径的原因？怎么设置cutoff?
• 运行lammps的时候，只run了0步，因为例子力也是0步，会不会是这里的原因？