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Build TOPO LAMMPS DATA

1. 获得小分子pdb文件

• 可以通过MS、Ovito、Avogadro……

2. 优化结构

• 先使用Avogadro的Extensions<Optimize Geometry优化；
• 然后，使用Ligpargen工具优化，获得PDB和LAMMPS，分别是优化后的pdb文件和lammpsdata文件；

3. 构建体系

• 使用Packmol+Moltemplate构建体系
• 首先，使用Packmol，将优化后的pdb文件，组合起来；
• 然后，通过Moltemplate生成LAMMPS data和inputfile；
• 在此之前，需要的文件：

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$ packmol组合后的pdb文件；
$ 每个小分子对应的lt文件；# 可以使用ltemplify.py通过lammpsdata和inputfile获得，具体参考手册
例如：ltemplify.py -name "Resin inherits OPLSAA" resin.data >resin.lt
$ system.lt文件 # 执行文件

• 执行以下命令即可获得lammpsdata和简单的inputfile

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moltemplate.sh -pdb system.pdb -atomstyle "full" system.lt

• 指定某个原子顺序

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moltemplate.sh -a "@atom:Groupname/atomtype 2" system.lt

Enhanced Monte Carlo (EMC)建模

下载安装

• 跨平台、无需安装；

• 下载：

  1 2	# Linux x86 wget http://sourceforge.net/projects/montecarlo/files/emc_linux_x86_64_v9.4.4_20230801.tgz

• 添加环境变量sudo vim ~/.bashrc

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  export PATH="/home/xxx/softwares/build_model/emc/v9.4.4:$PATH" export PATH="/home/xxx/softwares/build_model/emc/v9.4.4/bin:$PATH" export PATH="/home/xxx/softwares/build_model/emc/v9.4.4/scripts:$PATH"

使用例子

• 运行例子：

  v9.4.4/examples/setup/chemistry/polymer/copolymer/

  1 2	emc_setup.pl polymer.esh # 生成build.emc和polymer.in emc_linux_x86_64 build.emc # 生成lammps data

Atomsk 晶体构建

• 构建一个金属界面系统:

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# run this can build a interface system between Au and Ti
# 1. build Au part face centered cubic
atomsk --create fcc 4.08 Au -duplicate 40 40 16 Au_cell.cfg

# 2. build Ti part Hexagonal close-packed
atomsk --create hcp 2.95 4.686 Ti -duplicate 40 20 14 -orthogonal-cell  Ti_cell.cfg

# 3. merge Au and Ti
atomsk --merge Z 2 Au_cell.cfg Ti_cell.cfg Au_Ti_cell.cfg

# 4. cut
atomsk Au_Ti_cell.cfg -cut above 50 x -cut above 50 y  Au_Ti_system.cfg

# 5. convert lammps
atomsk Au_Ti_system.cfg lammps

# 6. Modify the box size in Au_Ti_system.lmp manually

clayff力场生成 lammps data

• 在MS中识别clayff力场（根据原子类型，修改力场识别）
• 使用msi2lmp.exe工具生成data

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msi2lmp.exe quartz_alpha5x5 -i -class I -frc clayff.frc

• 对生成的data进行修改，使用msi2clayff.py工具
• 并根据需求手动修改。

快速单斜转正交

Materials Studio快速转换正交

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• Build > Symmetry > Redefine Lattice > New Lattice

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  -1 1 0 -1 -1 0 0 0 1

  1 2 3

  2 1 0 0 1 0 0 0 1

atmosk转换正交

• 不论初始的夹角为多少度，都可以使用atomsk转为正交结构

1	atomsk Bi.cif -orthogonal-cell Bi.lmp

• 参考:
  • [1] https://zhuanlan.zhihu.com/p/375225878
  • [2] https://zhuanlan.zhihu.com/p/626663825

Openbabel GUI

• http://openbabel.org/wiki/Main_Page