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LigParGen获得的分子的lammpsdata，在最小化后，分子中原子发生重叠

可能导致氧原子与氮原子重叠的几个常见原因

1. 缺少或错误的LJ参数
   如果 LigParGen 生成的 LAMMPS 数据文件中 “Pair Coeffs” 部分缺失，或者在读取时没有正确应用 pair_coeff，那么对应的原子类型会默认没有排斥势，从而无法产生足够的范德华斥力，氧、氮原子在最小化时就可能重叠。 (11.6. Error messages - LAMMPS documentation)

2. 零ε、零σ 对氢原子的示例说明
   在 CVFF 力场中，将羟基和胺基的氢原子 LJ 参数都设为零时，库仑引力无法被斥力抵消，就会出现氢原子与氧氮原子重叠的现象；这说明缺失斥力项会直接导致原子“穿透”重叠。 (Atoms overlapping due to coulomb forces using CVFF forcefield - LAMMPS Mailing List Mirror - Materials Science Community Discourse)

3. 1–4 相互作用缩放不正确
   OPLS-AA 力场规定对 1–4 位点的范德华和库仑相互作用都要按 0.5 缩放，而 LAMMPS 默认不做此缩放，导致 1–4 位点的氧氮之间库仑吸引过强，将它们拉到一块。 (Special Bonds parameters for OPLS - LAMMPS Mailing List Mirror)

4. 未设置 special_bonds
   若在输入脚本中忘记加入

   1	special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5

   就无法实现 OPLS-AA 的 1–4 相互作用缩放，容易让重排后的氧氮原子相互“黏”到一起。 (Special Bonds parameters for OPLS - LAMMPS Mailing List Mirror)

5. 初始近距离接触与邻居列表保护不足
   当体系初始构型中存在非常近的接触，若没有先用“软势”或先在极低温（如1 K）下缓慢升温并配合充足的邻居列表保护，就可能在最小化中出现原子“穿透”重叠。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)

6. 缺失 Improper 导致平面中心坍缩
   对于 sp² 中心（如酰胺、芳香环等），若数据文件中未正确包括对应的 improper 项，最小化时会报

   Improper problem: conformation extreme
   并导致平面中心原子塌陷，使连带的氧、氮原子挤到一起。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)

7. 不匹配的 improper_style 与 improper_coeff
   如果使用了 improper_style cvff 或 improper_style harmonic，但未按照 LigParGen 输出指定正确的 improper_coeff 数量和格式，也会导致参数解析失败或不收敛，原子在同一平面上重叠。 (How to amend improper style/coefficient error in LAMMPS? | ResearchGate)

8. 长程库仑截断畸变构象
   没有配合 kspace_style pppm 或 ewald 等长程求和算法，仅用 pair_style lj/cut/coul/long 并截断过短，会让电荷间相互作用畸变，迫使部分氧氮原子挤到一起。 (pair_style hybrid/overlay command - LAMMPS documentation)

9. 邻居列表参数设置不当
   若 neighbor、neigh_modify 中的 skin 值设得过小，最小化过程中原子移动步幅稍大就会在构建邻居列表时“丢失”配对，引发局部结构崩溃和重叠。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)

10. 单位制不一致
    使用的 units real/metal/etc. 必须与 LigParGen 输出的参数单位保持一致，否则参数尺度不匹配，也可能导致最小化时位置严重偏离，出现重叠。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)

建议的检查与修正步骤

• 核对 Pair Coeffs：在数据文件或输入脚本中确认所有 OPLS-AA 原子类型都有正确的 pair_coeff 定义。 (11.6. Error messages - LAMMPS documentation)
• 加入 Special Bonds：在主脚本最开始部分添加

  1	special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5

  以匹配 OPLS-AA 1–4 缩放规则。 (Special Bonds parameters for OPLS - LAMMPS Mailing List Mirror)
• 补全 Improper 定义：根据 LigParGen 输出，选择 improper_style harmonic 或 improper_style cvff，并在输入脚本中为每一种 improper 类型添加对应的 improper_coeff。 (How to amend improper style/coefficient error in LAMMPS? | ResearchGate)
• 验证 K-space：若有电荷，请使用

  1	kspace_style pppm 1e-4

  或等效方法，避免长程相互作用误差。 (pair_style hybrid/overlay command - LAMMPS documentation)
• 调整邻居列表：适当增大 neigh_modify delay 0 every 1 check yes skin 2.0 中的 skin 参数，保证在最小化过程中不会丢失邻居对。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)
• 逐级松弛：建议先在很低温下（如 1 K）做 10 000 步 NVT 热浴升温至目标温度，再进行能量最小化，帮助移除重叠接触。 (11.2. Errors and warnings details — LAMMPS documentation)

通过以上检查与调整，通常可以消除 LigParGen 输出的 LAMMPS 数据中因参数或设置问题导致的氧–氮原子重叠现象。